המרפאה פועלת 24/7 ומאויישת על ידי אחות המעניקה מענה רפואי לפי הצורך לדיירי המרכז.

במרפאה מנהל רפואי- ד"ר כהנא יובל אשר המשמש כרופא במרכז עלה מוריה מאז הקמתו.

הרעיון המנחה הוא לזהות ולהעצים את נקודות החוזק של כל דייר. בניית נהלי עבודה משותפים בין הצוות הרפואי, הפארארפואי והטיפולי לבניית תכנית עבודה מותאמת לכל דייר בהתאם, לגילו (עד גיל 21 בבית ספר/ ומעל גיל 21 במע"ש) ויכולתו.

מספר הדיירים שהולך וגדל כל הזמן מחייב הדרכה של כל צוות המטפלים, לגבי מחלות הרקע המורכבות והמשמעות שלהן, בהתייחס לכל דייר וצרכיו. מנעד המחלות של הדיירים ממוגבלות שכלית התפתחותית ועד מחלות משולבות נוירולוגיות. בנוסף, בתקופה האחרונה נוספו דיירים ,בדיור חוץ מעוני, על הספקטרום האוטיסטי, עם כל המורכבות של מחלתם.

המרפאה נותנת שירותים מגוונים בתוך המעון, ומורכבת מרופאים מומחים מתחום הפסיכיאטריה, נוירולוגיה, אורתופדיה, רפואת גסטרו ורפואת עיניים מגיעים למרפאת המעון לבדוק את הדיירים. הסיבה לכך הינה כי האתגר הרפואי ביחד עם התנהגות המאתגרת של הדיירים מהווה מכשול בטיפול המתאים במרפאות מחוץ למעון. רוב הרופאים המומחים הם מנהלי מרפאות או מחלקות אשפוז בבתי חולים עם ניסיון בטיפול באנשים עם צרכים מיוחדים.